Suivi des variants préoccupants de COVID-19

COVID-19

24 mars 2021

On a souvent dit que la pandémie de COVID-19 est un marathon, pas un 100 mètres. Comme tout marathon, celui-ci a apporté son lot de difficultés. Chacun a dû s'adapter et recourir à de nouvelles solutions créées à mesure.

Le plus récent écueil a été l'émergence de nouvelles souches du SRAS-CoV-2, le virus qui provoque la COVID-19. À la mi-décembre, le Royaume-Uni a signalé un nouveau variant. D'autres variants préoccupants (VP) ont été découverts en Afrique du Sud et au Brésil. D'autres apparaîtront certainement au cours de la pandémie. 

Qu'est-ce qu'un variant préoccupant?

Les variants sont dépistés en premier lieu au moyen de tests de génomique. La génomique est un domaine d'étude qui permet de suivre les changements dans le bagage génétique des virus. Ces changements sont connus sous le nom de mutations. Les mutations sont un phénomène normal chez les coronavirus; toutefois, ce ne sont pas toutes les mutations qui ont des conséquences sur le plan clinique et en santé publique. Un variant devient préoccupant lorsque ses changements ont une incidence importante pour la pratique clinique et pour la santé publique, au point de pouvoir : 

  • se propager différemment de la souche initiale;
  • aggraver la maladie;
  • répondre différemment aux vaccins et aux médicaments de lutte contre la Covid-19;
  • ne plus être dépistable par les méthodes d'analyse existantes.

Les données laissent penser que le variant B.1.1.7, découvert pour la première fois au Royaume Uni, le variant B.1.351 découvert en Afrique du Sud, et le variant P.1 découvert au Brésil, pourraient être plus transmissibles que les souches qui circulaient auparavant. On ne sait toujours pas clairement si le variant B.1.1.7 provoque une maladie plus grave. Certaines études montrent que cela pourrait être le cas, et d'autres non. Cette question fait l'objet d'intenses recherches. L'Agence de la santé publique du Canada affirme que les vaccins actuellement disponibles au Canada devraient être efficaces contre les variants. D'autres recherches sont en cours pour le confirmer.

Le Canada a enregistré les deux premiers cas d'infection causés par le variant B.1.1.7 le 26 décembre 2020, le premier cas de variant B.1.351 le 8 janvier 2021 et le premier cas du variant P.1 le 7 février 2021. 

Que fait SPO? 

CONDUITE DE TESTS

SPO ainsi que la communauté scientifique et les laboratoires du monde entier ont travaillé de concert tout au long de la pandémie pour surveiller le SRAS-CoV-2 et partager leurs résultats, dans le but d'accroître leurs connaissances. SPO effectue une surveillance génomique active du virus du SRAS-CoV-2 depuis le début de la pandémie. À la mi-décembre, son laboratoire a analysé par séquençage génomique environ 250 échantillons par semaine pour connaître l’empreinte génétique des variants préoccupants. En mars 2021, SPO a augmenté sa capacité de traitement à plus de 800 échantillons par semaine.

Le 3 février 2021, SPO a été le premier du réseau provincial de laboratoires de diagnostic à analyser tous les tests COVID-19 positifs en Ontario en ciblant les mutations présentes dans les principaux VP (p. ex., N501Y). SPO a mis au point le test qui sert à identifier les mutations. Ce test a été partagé, puis adopté par d'autres laboratoires en Ontario, ainsi que dans les autres provinces et dans d’autres pays. À l’avenir, SPO utilisera le test PCR de dépistage ciblé des variants et l’analyse par séquençage génomique afin de faire en sorte que les laboratoires aient la capacité et les ressources requises pour se concentrer sur les aspects qui s’avéreront les plus utiles pour dépister la plage de variants B.1.1.7, B.1.351 et P.1 et isoler les variants nouveaux et émergents. 

ÉTUDE DE PRÉVALENCE PONCTUELLE

Un important élément déclencheur de l'adoption des tests de routine des VP en Ontario fut la décision de SPO de collaborer avec d'autres laboratoires à une étude de prévalence ponctuelle. Dans cette étude, une collection d'échantillons a été analysée à un moment précis pour obtenir un aperçu de la fréquence des VP en Ontario. SPO a commencé à tester des échantillons positifs au SRAS-CoV-2 en Ontario le 20 janvier 2021 afin de déterminer le nombre d'échantillons qui étaient des VP. Cette étude a révélé ce qui suit :

  • Des 2 750 échantillons soumis à des tests, 113 (4,4 %) contenaient la mutation N501Y; 88 échantillons ont été confirmés par séquençage du génome entier (87 d’entre eux étaient des B.1.1.7, tandis qu’un autre était un B.1.351).
  • La prévalence de la mutation N501Y s’établissait à 1,1 % dans les échantillons non associés à une éclosion, et à 13,2 % pour les échantillons associés à une éclosion (mutation détectée 2,0 % des éclosions testées).
  • Dans le cas des échantillons associés à une éclosion, la prévalence de la mutation était plus élevée chez les femmes, mais similaire chez les hommes et les femmes dans le cas des échantillons non associés à une éclosion. 
  • La prévalence était supérieure dans les groupes plus âgés (plus de 60 ans) dans le cas des échantillons associés à une éclosion, mais similaire entre les différents groupes d’âge dans le cas des échantillons non associés à une éclosion.
  • 2,5 % des échantillons présentant la mutation N501Y provenaient de personnes ayant voyagé récemment à l’étranger.

Les rapports quotidiens de données révèlent une hausse exponentielle des VP à partir du 3 février 2021; 30 % des échantillons testés présentaient la mutation N501Y au 1er mars 2021, soit une moyenne de 24,6 % sur sept jours.

Quelles sont les autres activités menées par SPO dans le domaine des VP?

  • Répondre aux demandes des parties prenantes, comme le ministère de la Santé, les services de santé publique et autres, pour les aider à mieux comprendre les VP et leurs répercussions en santé publique.
  • Examiner et synthétiser les nouvelles données sur les VP, notamment les répercussions pour les lignes directrices et les mesures de santé publique ainsi que pour la prévention et le contrôle des infections (PCI).
  • Analyser les données au sujet de la propagation des VP en Ontario, et établir les rapports correspondants.
  • Mettre au point d'autres instruments d’analyse en laboratoire pour le dépistage et la recherche.
  • Communiquer les résultats aux bureaux de santé publique afin de permettre la prise de mesures dans ce domaine.
  • Fournir un soutien en PCI et en épidémiologie aux bureaux de santé publique pour la gestion des épidémies.

La surveillance des variations génétiques prendra une importance grandissante pour les changements survenant dans la propagation du virus, les méthodes d'analyse en laboratoire et les mesures de santé publique. SPO a travaillé avec le réseau provincial de diagnostic de l'Ontario afin d'accroître la capacité de dépistage des VP et d'obtenir les résultats de dépistage encore plus rapidement. De plus, SPO pilote les efforts de séquençage génomique par le biais du réseau génomique COVID-19 de l'Ontario, avec pour objectif de séquencer un sous-groupe de tous les échantillons positifs, de manière à surveiller et à identifier les nouveaux variants en Ontario. Au niveau provincial, nous travaillons avec les partenaires des laboratoires et des universités tels que la ONCoV Genomics Rapid Response Coalition et la Ontario Science Advisory Table. À l'échelle nationale, nous collaborons avec le Réseau canadien des laboratoires de santé publique, le Laboratoire national de microbiologie et le Réseau canadien de génomique COVID.

Que peuvent faire les Ontariens pour se protéger?

Quel que soit le variant, la meilleure façon d'arrêter sa transmission et sa propagation dans la collectivité est de suivre les directives de santé publique. Cela veut dire limiter autant que possible les contacts des personnes de l’extérieur de votre foyer, pratiquer l'éloignement physique, porter un couvre-visage, rester à la maison si vous commencez à ressentir des symptômes, et vous laver régulièrement les mains. Visitez notre page Prévention et gestion de la COVID-19 pour en savoir plus.

Veuillez lire nos résumés épidémiologiques quotidiens et hebdomadaires pour plus d'information sur les cas de VP détectés en Ontario.

Événement

PHO Rounds: It’s Not Just COVID-19 Anymore: The update on Influenza for the 2021-22 Season

A summary of the epidemiology of non-SARS-CoV-2 respiratory viruses currently circulating in Canada and internationally; 

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Mis à jour le 24 mars 2021