Recherche à l'œuvre: Dr Samir Patel

SPO à l’œuvre

12 janv. 2017

Recherche de pointe dans les laboratoires de SPO : guichet unique pour les analyses de microorganismes

Si vous revenez de l’étranger avec une fièvre, votre médecin vous recommandera probablement un test de dépistage de la malaria. Vous donnerez plusieurs échantillons de sang au laboratoire de SPO et, si les résultats ne sont pas concluants, vous subirez une autre série de tests.

Le Dr Samir Patel, microbiologiste clinicien de SPO, accélère le processus au moyen d’une nouvelle technologie. Avec un prélèvement, lui et son équipe des laboratoires de SPO pourront diagnostiquer rapidement et précisément le patient et recommander un traitement ciblé contre toute bactérie ou tout virus.

« Grâce à cette nouvelle technologie, nous pourrons rationaliser la commande de 30 tests. Une analyse déterminera l’agent pathogène, qu’il s’agisse de la dengue, du virus du Nil occidental, du virus Chikungunya ou encore d’une nouvelle bactérie ou d’un nouveau virus », déclare M. Patel, qui enseigne également au département de médecine de laboratoire et de pathobiologie (en anglais) de l’Université de Toronto.

La technologie, présentement en cours de validation, s’appelle séquençage de nouvelle génération. Patel prélève un échantillon auprès du patient et analyse son code génétique. Son équipe cherche alors le code dans une base de données contenant des milliers de bactérie et de virus, interprète les données complexes et fournit un diagnostic.

« Nos tests actuels peuvent être dispendieux, coûteux en temps et parfois inexacts », ajoute M. Patel. « Le séquençage de nouvelle génération révolutionnera le domaine de la microbiologie. Grâce à l’information qu’il permet d’obtenir, nous pourrons adapter le traitement offert au patient. »

Cette technologie éliminera également les longs processus utilisés pour deviner la nature de l’agent pathogène. Par exemple, si un patient de l’Ontario a la fièvre et des maux de tête aigus pendant l’été, le médecin recommande normalement le test de dépistage du virus du Nil occidental. Cependant, le résultat de ce test est fréquemment négatif.

Au lieu d’essayer de deviner, les médecins pourront laisser de puissants ordinateurs découvrir ce qui se cache dans les échantillons.

« Le travail du Dr Patel en matière de découverte des agents pathogènes vise à créer une guichet unique qui pourra identifier définitivement l’organisme responsable d’infections graves comme la méningite et l’encéphalite », indique la Dre Vanessa Allen, directrice générale, microbiologie médicale, à SPO. « Cela pourrait révolutionner la façon dont nous fournissons nos diagnostics de microbiologie, et ainsi améliorer les soins offerts aux patients. »

M. Patel a commencé à utiliser cette technologie dans le cadre du programme de découverte des agents pathogènes de SPO en 2012. Le programme avait pour but de diagnostiquer les cas difficiles et de déterminer rapidement et précisément les bactéries et les virus pouvant causer une éclosion.

« Une fois l’infection confirmée, on peut gérer le patient de façon appropriée. Cette information peut également servir à contrôler la propagation de la maladie. Par exemple, on pourrait placer un patient dans un milieu approprié de contrôle des infections. Ou, s’il n’est pas infecté, il peut cesser de prendre inutilement ses antibiotiques », explique M. Patel.

Durant une éclosion, M. Patel pourrait aussi surveiller la source des agents pathogènes et leur évolution. D’autres chercheurs ont utilisé le séquençage de nouvelle génération pour identifier et surveiller certaines souches d’Ebola en Afrique occidentale.

« Si une éclosion se déclarait en Ontario, nous pourrions analyser les échantillons, déterminer la bactérie ou le virus qui la cause et surveiller la propagation au moyen d’un processus systématique », indique M. Patel. « Nous pourrions en outre savoir à quel point la bactérie ou le virus est infectieux et si des souches semblables circulent dans d’autres régions du monde. »

M. Patel prédit que la technologie, qu’on utilise présentement dans les laboratoires de SPO, sera à la disposition des cliniciens dans quelques années aux fins des analyses de routine. Mais il considère que les incidences du programme iront bien au-delà des cliniciens. « Nous espérons que ce programme servira pour les analyses cliniques de routine, mais qu’il servira aussi à identifier les bactéries et les virus nouveaux ou émergents. Je le vois comme une plateforme qui nous permettra d’effectuer une surveillance à l’échelle de la province, d’identifier les autres agents pathogènes qui y circulent et de déterminer ce que nous devons étudier. »

Pour en savoir plus à ce sujet :

PHO in Action – Samir Patel

Dr. Samir Patel, a clinical microbiologist at PHO, is fast-tracking this process with new technology. With one sample, he and his team at the PHO laboratories will be able to quickly and accurately diagnose a patient and recommend targeted treatment against any bacteria or virus.

Durée : 3 minutes

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Mis à jour le 12 janv. 2017