août 2021 : Mises à jour sur les variants du virus de la COVID-19 : Dépistage en laboratoire

8 sept. 2021

Au moment où on commence à connaître les variants nouveaux et émergents, les réseaux de laboratoires du monde entier, y compris le laboratoire de Santé publique Ontario (SPO) – qui fait partie du réseau de laboratoire provincial –, doivent s’adapter, passer à un suivi proactif de ces variants et comprendre leur propagation en Ontario.

En août  2021, SPO a modifié une partie de sa stratégie de dépistage en laboratoire de la COVID-19, en particulier la stratégie provinciale de séquençage du génome entier. Ci-dessous, nous décrivons les modifications à la stratégie de dépistage en laboratoire et nous faisons le point sur la façon dont SPO effectue le dépistage des variants préoccupants de la COVID-19 et sur les modifications apportées à notre stratégie de dépistage en laboratoire.

Quelles sont les nouveautés du test de dépistage en laboratoire des variants de la COVID-19 de SPO?

Le test diagnostique de la COVID-19 et le test de dépistage des VP restent inchangés. Nous avons toutefois modifié notre stratégie de séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 en mettant l'accent sur l’établissement d’une stratégie de surveillance rigoureuse et sur la publication de rapports publics.

En date du 27 août 2021, la stratégie provinciale de séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 comprend ce qui suit :

  • La moitié des échantillons (1 sur 2) admissibles et positifs (provenant d’un test PCR de VP sont soumis au séquençage du génome entier dans le cadre de notre stratégie de surveillance. Cette stratégie continuera de contribuer à détecter les variants nouveaux et émergents, y compris le variant Delta, en temps opportun.
  • Elle vise également le séquençage des échantillons provenant de cas de COVID-19 ciblés, par exemple liés aux voyageurs internationaux, aux éclosions dans certaines situations, aux personnes vaccinées ou à une réinfection ou à une demande du coroner. Cette stratégie aide à détecter les signes de variants émergents possibles et à cerner les problèmes, comme les éclosions, les cas liés à un voyage ou les événements inhabituels.

Cette stratégie tient compte des taux croissants de COVID-19 dans la province et de la capacité de nos laboratoires de séquençage du génome entier. Si le nombre de cas de COVID-19 augmente au point de dépasser la capacité de séquençage du génome entier, SPO modifiera sa stratégie de dépistage pour qu’elle inclue un sous-ensemble aléatoire de tous les échantillons positifs de COVID-19 admissibles afin de s’assurer de disposer d’un nombre suffisant de renseignements pour surveiller et détecter les nouveaux variants. Par ailleurs, la surveillance ciblée des groupes nommés ci-dessus se poursuivra. 

Mises à jour sur les travaux de dépistage en laboratoire - Explications

Le séquençage du génome entier (WGS) est un outil important qui nous aide à comprendre l'évolution et la propagation du virus SRAS-CoV-2 et qui peut éclairer les politiques et les meilleures pratiques de contrôle des épidémies.

Ce processus de laboratoire permet d'obtenir un profil génétique précis ou une empreinte génétique, qui peut détecter les COV et les VOI, et aider à comprendre la parenté entre les cas.

Quel est le processus suivi pour le séquençage du génome entier

Le processus comprend quatre étapes :

  1. Un échantillon viral positif est traité avec des produits chimiques pour libérer le matériel génétique (également appelé ADN et ARN), qui est ensuite purifié.
  2. Les chercheurs font des copies de plusieurs régions superposées du génome, soit l'ensemble complet de l'ADN d'un organisme, en utilisant le PCR. Les copies sont appelées « bibliothèque d'ADN ».
  3. Cette bibliothèque d'ADN est chargée dans une machine, appelée séquenceur, qui nous permet d'examiner de plus près la structure de l'ADN du virus. Le résultat est appelé « lecture de l'ADN ».
  4. Le séquenceur produit des millions de lectures d'ADN et, grâce à des programmes informatiques spécialisés, ces lectures sont assemblées dans l'ordre. Lorsque le processus est terminé, la séquence du génome est prête pour une analyse plus approfondie.

Pourquoi avons-nous apporté ces modifications?

L'adoption d’une stratégie de surveillance représentative du séquençage génomique est conforme aux pratiques exemplaires. En outre, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies et le Royaume-Uni se sont également dotés d’une telle stratégie. Ces modifications nous permettent de mieux utiliser nos ressources pour surveiller et mieux comprendre l’importance des VP actuels en Ontario. De plus, nous pouvons maintenant détecter et faire le suivi de futurs VP et VI d’une manière fiable et opportune.

Le point sur les tests VP et VI à SPO

Quels types de variants du SRAS-CoV-2 recherche SPO? Quelle est la différence entre un variant d’intérêt (VI) et un variant préoccupant (VP)?

Les virus changent et connaissent des mutations dans le cadre de leur évolution normale. Lorsque de nombreuses mutations surviennent dans le code génétique d’un virus, on parle alors de variant. Comme pour les autres virus, les variants sont courants avec le SARS-Cov-2 (le virus responsable de la COVID-19). Bien que de nombreux variants aient la même capacité de propagation et ne donnent pas lieu à une maladie plus grave, certains variants présentent des changements (mutations) et peuvent devenir préoccupants.

Un variant préoccupant (VP) présente une mutation ayant une incidence importante sur la santé publique ou la pratique clinique en raison d’au moins un des éléments suivants :

  • propagation (transmissibilité);
  • gravité de la maladie (virulence);
  • efficacité des vaccins;
  • test diagnostique.

Les variants préoccupants détectés en Ontario comprennent les suivants :

  • Alpha (variant B.1.1.7, ayant émergé au Royaume-Uni);
  • Beta (variant B.1.351, ayant émergé en Afrique du Sud);
  • Gamma (variant P.1, ayant émergé au Brésil);
  • Delta (variant B.1.617, ayant émergé en Inde).

Un variant d’intérêt (VI) peut avoir une ou plusieurs mutations en commun avec un VP, mais les données probantes s’y rapportant sont alors insuffisantes pour le considérer comme un VP.

Les variants d’intérêt actuellement détectés dans le monde et en Ontario comprennent les suivants :

  • Eta (variant B.1.525 ayant émergé au Nigéria)
  • Iota (variant B.1.526 ayant émergé aux É.-U.)
  • Kappa (variant B.1.617.1 ayant émergé en Inde)
  • Lambda (variant C.37 ayant émergé au Pérou)

La stratégie de SPO en matière de dépistage en laboratoire et de surveillance comprend le recensement et la surveillance des VP et des VI.

Pour en savoir plus au sujet des nouvelles conventions de dénomination des VP et des VI, consultez la page Web de l’Organisation mondiale de la santé : Suivi des variants du SARS-Cov-2.

Comment les équipes de SPO procèdent-elles au dépistage de la COVID-19 et des variants? 

La stratégie complète de SPO en matière de dépistage en laboratoire et de surveillance comprend trois éléments principaux :

  • Test diagnostique de la COVID-19 (par PCR) : le test qui indique si une personne a la COVID-19 à l’heure actuelle. Il aide à déceler le virus, même en quantité infime. 
  • Séquençage du génome entier : un processus en laboratoire qui examine la structure d’un virus (le séquençage) en lisant son code génétique en entier. Le séquençage du SARS-Cov-2 nous permet d’en savoir plus sur le virus, sur la façon dont il se propage et change (VP et VI émergents). Cette technique nous permet d’effectuer une détection précoce de toute menace posée par un VP et un VI.
  • Dépistage des VP de la COVID-19 (par PCR) : les échantillons admissibles et positifs à la suite du dépistage initial de la COVID-19 sont actuellement ensuite soumis à un dépistage des VP par PCR afin de déterminer s’ils contiennent une mutation indiquant la présence d’un VP. Notre test cherche à détecter précisément les mutations N501Y et E484K, qui sont associées aux trois variants préoccupants prédominants : Alpha, Beta et Gamma. Même si cette approche est rapide, elle permet seulement de détecter les variants associés précisément à ces trois mutations et peut ne pas repérer l’apparition précoce de nouveaux variants préoccupants.

Pourquoi le variant Delta n’est-il pas visé par le dépistage des VP de la COVID-19 par test PCR?

L’approche actuelle en matière de dépistage des VP par test PCR a été conçue pour permettre la détection précoce des variants Alpha, Beta et Gamma, qui étaient considérés comme rares au moment de créer le test. Cette approche a ensuite été complétée par le séquençage du génome entier afin de confirmer le variant en présence, au besoin. Cette approche nous a permis d’avoir une idée assez précise de ces variants.

Cependant, maintenant que les VP sont plus répandus, le dépistage des VP par test PCR est moins en mesure de permettre une détection rapide de nouveaux variants, mais reste particulièrement important pour continuer de surveiller l’apparition potentielle de variants dans les populations vaccinées. Les nouvelles modifications apportées à la stratégie de séquençage du génome entier – où un lot représentatif  d’échantillons positifs à la COVID-19 est soumis au séquençage du génome entier – nous permettent de détecter puis de surveiller les VP et les VI d’une façon plus proactive et opportune.

Où puis-je trouver de l’information et des données sur les variants de la COVID-19?

SPO a travaillé en étroite collaboration avec des laboratoires partenaires qui effectuent le séquençage génomique en Ontario pour concevoir et simplifier le processus de collecte de données et de déclaration concernant les VP. Une série de rapports courants et d’outils sont à votre disposition pour en savoir plus, dont les suivants :

  1. Outil de surveillance des données sur la COVID-19 en Ontario : Il donne des renseignements sur l’activité de la COVID-19 en Ontario jusqu’à présent, y compris le nombre quotidien de cas et les taux se rapportant aux variants Alpha, Beta et Gamma.
  2. Cas de COVID-19 en Ontario : Résumés épidémiologiques quotidiens et hebdomadaires : Ils présentent les données quotidiennes et hebdomadaires sur les VP, notamment le nombre de cas confirmés de COVID-19 ou de VP détectés.
  3. Nouveau résumé épidémiologique : Séquençage du génome entier du SARS-CoV-2 : Il comprend des données sur les VP (dont le variant Delta) et les VI provenant des activités de séquençage du génome entier menées par SPO et des laboratoires partenaires du Réseau génomique COVID-19 de l’Ontario. 

Si vous êtes responsable des tests de dépistage en laboratoire, consultez notre feuillet d’information sur le dépistage des variants préoccupants du SARS-CoV-2 (virus de la COVID-19) et le Labstract pour en savoir plus.

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Publié le 8 sept. 2021