Analyse phylogénétique du SARS-CoV-2 en Ontario

Le séquençage génomique, l’analyse et l’épidémiologie du SARS-CoV-2 sont importants pour comprendre l’évolution et la propagation du SARS-CoV-2 en Ontario.
Cet outil interactif aide les chercheurs et les experts en génomique, les épidémiologistes, les virologistes et les spécialistes en santé publique à examiner les relations évolutives entre les séquences du SARS-CoV-2 et à visualiser la diversité génétique du génome entier.  Les données présentées dans cet outil peuvent être filtrées selon les critères suivants :

  • région sanitaire de l’Ontario
  • lignées Pango, incluant celles des variants préoccupants 
  • tranche d’âge
  • sexe
  • génotype
  • pays
  • clades : Nextstrain et GISAID

 

This image shows a phylogenic (evolutionary) tree and a map of SARS-CoV-2 sequences in Ontario. It is a screen shot from the Nextstrain tool to show an example of what the tool looks like.

Visualiser l’analyse phylogénétique du SARS-CoV2 en Ontario

Les données présentées dans cet outil incluent des échantillons de SARS-CoV-2 séquencés par Santé publique Ontario et ne comprennent à l’heure actuelle aucun échantillon séquencé par d’autres organismes ou laboratoires ontariens.  

L’outil est mis à jour chaque mercredi entre 16 h et 18 h (heure de l’Est) et pourrait être indisponible durant cette période. Veuillez consulter les Notes techniques pour en savoir davantage sur le contenu de cet outil.  

L’outil s’affiche mieux avec les navigateurs Google Chrome, Mozilla Firefox et Microsoft Edge.

 

Nextstrain

Cet outil interactif utilise la plateforme à code source libre Nextstrain qui offre de puissants outils de visualisation et d’analyse pour favoriser l’analyse génomique de divers agents pathogènes comme le SARS-CoV-2.

Pour en savoir plus Nextstrain ou favoriser l’utilisation et l’interprétation de données dans cet outil, veuillez consulter la page Web d’information de Nextstrain où vous trouverez un éventail de ressources, de tutoriels et de guides d’utilisation. 
 

 

Événement

PHO Rounds: Novel Disease Surveillance Tools for the Next Pandemi

This seminar will introduce the concept of informal disease event monitoring systems and how this type of data can and has been used to explore communicable disease epidemiological trends among forcibly displaced persons worldwide. 

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Mis à jour le 31 mars 2021