Analyse phylogénétique du SARS-CoV-2 en Ontario

Le séquençage génomique, l’analyse et l’épidémiologie du SARS-CoV-2 sont importants pour comprendre l’évolution et la propagation du SARS-CoV-2 en Ontario.
Cet outil interactif aide les chercheurs et les experts en génomique, les épidémiologistes, les virologistes et les spécialistes en santé publique à examiner les relations évolutives entre les séquences du SARS-CoV-2 et à visualiser la diversité génétique du génome entier.  Les données présentées dans cet outil peuvent être filtrées selon les critères suivants :

• région sanitaire de l’Ontario
• lignées Pango, incluant celles des variants préoccupants 
• tranche d’âge
• sexe
• génotype
• pays
• clades : Nextstrain et GISAID

Visualiser l’analyse phylogénétique du SARS-CoV2 en Ontario

Les données présentées dans cet outil incluent des échantillons de SARS-CoV-2 séquencés par Santé publique Ontario et ne comprennent à l’heure actuelle aucun échantillon séquencé par d’autres organismes ou laboratoires ontariens.  

L’outil est mis à jour chaque jeudi entre 16 h et 18 h (heure de l’Est) et pourrait être indisponible durant cette période. Veuillez consulter les Notes techniques pour en savoir davantage sur le contenu de cet outil.  

L’outil s’affiche mieux avec les navigateurs Google Chrome, Mozilla Firefox et Microsoft Edge.

Nextstrain

Cet outil interactif utilise la plateforme à code source libre Nextstrain qui offre de puissants outils de visualisation et d’analyse pour favoriser l’analyse génomique de divers agents pathogènes comme le SARS-CoV-2.