Mars 2021 : Modifications apportées à la stratégie de SPO en matière de dépistage en laboratoire des variants préoccupants

COVID-19

19 juin 2021

Remarque importante : Nous avons apporté d’autres modifications au dépistage en laboratoire des variants préoccupants. Consultez notre nouveau billet de blogue : Juin 2021 : Mises à jour sur les variants du virus de la COVID-19 : terminologie, dépistage en laboratoire et déclaration pour en savoir plus.

Il est connu que les virus mutent et le SARS-CoV-2 (le virus qui cause la COVID-19) ne fait pas exception. Au moment où on commence à connaître les variants nouveaux et émergents, les réseaux de laboratoires du monde entier, y compris le laboratoire de Santé publique Ontario (SPO), doivent s’adapter et passer à un suivi proactif de ces variants, puis soutenir les efforts de surveillance visant à déceler leur propagation.

Comment effectue-t-on le dépistage des variants préoccupants à SPO?

Le laboratoire de SPO a mis au point un test de dépistage des variants qui cherche à détecter les mutations à l’aide d’une réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (ci-après nommée « test PCR pour les variants »). Les échantillons admissibles et positifs à la suite du dépistage initial de la COVID-19 sont ensuite soumis à un test PCR pour les variants afin de déterminer s’ils contiennent un variant préoccupant. Notre test cherche à détecter précisément la mutation N501Y qu’on a observée dans les trois variants préoccupants prédominants :

  • B.1.1.7 (détecté pour la première fois au Royaume-Uni)
  • B.1.351 (détecté pour la première fois en Afrique du Sud)
  • P.1 (détecté pour la première fois au Brésil)
Le 22 mars, nous avons mis à jour notre test PCR pour les variants afin de percevoir la présence d’une autre mutation. 

Qu’est-ce qui a changé?

Notre test PCR pour les variants vise maintenant une deuxième cible : détecter la mutation E484K, qui est présente dans les variants B.1.351 et P.1. Les échantillons admissibles et positifs à la suite du dépistage initial de la COVID-19 seront maintenant soumis au même moment au test visant les mutations N501Y et E484K. Les échantillons admissibles dans lesquels on a détecté une mutation E484K feront l’objet d’un séquençage du génome. On suppose que les échantillons dans lesquels on a détecté une mutation N501Y, mais pas de mutation E484K contiennent probablement le variant préoccupantB.1.1.7, selon les connaissances actuelles en épidémiologie, et ils ne feront plus régulièrement l’objet d’un séquençage.

Pourquoi avons-nous apporté ce changement?

Le test pour variants de SPO s’est révélé très précis pour percevoir la présence de la mutation N501Y. Étant donné la précision du test PCR pour variants, il n’est plus nécessaire d’effectuer le séquençage du génome pour confirmer qu’un échantillon comprend un variant préoccupant. En intégrant la détection de la mutation E484K à notre test PCR pour les variants, nous continuerons de faire le suivi du variant B.1.1.7 et serons en mesure de détecter avec plus de précision les variants B.1.351 et P.1 potentiels et les autres variants émergents. 

Quels échantillons feront l’objet d’un séquençage du génome entier?

Les échantillons admissibles dans lesquels on a détecté la mutation E484K feront l’objet d’un séquençage du génome entier pour nous aider à mieux comprendre l’épidémiologie des variants émergents et la façon dont ils se propagent en Ontario. Par ailleurs, afin de soutenir les efforts de surveillance continus, nous continuerons d’effectuer le séquençage du génome entier sur un minimum de 5 % des échantillons qui ne présentent pas la mutation E484K.

L’utilisation ciblée du test PCR pour variants et du séquençage du génome permet aux laboratoires de concentrer leur capacité et leurs ressources sur les domaines les plus utiles pour déceler la propagation des variants B.1.1.7, B.1.351 et P.1 et pour identifier les variants nouveaux et émergents.

Quelle est la différence entre le test PCR pour variants et le test PCR de diagnostic? 

Les objectifs généraux du test PCR pour variants et du test PCR de diagnostic sont différents. Le test PCR pour variants est effectué à des fins de surveillance. En soumettant les échantillons de meilleure qualité à ce test, nous pouvons mieux comprendre les tendances du virus au niveau de la population. Le test de diagnostic est différent, en ce qu’il sert à détecter la présence du virus SARS-CoV-2 chez les personnes pour permettre la prise de mesures de santé publique visant à freiner la propagation de la COVID-19. 

Organigramme montrant les changements dans les tests de variantes. 1. Test PCR de diagnostic COVID-19: Les échantillons admissibles et positifs à la suite du dépistage initial de la COVID-19 sont soumis au test pour les variants. 2. Test PCR pour les variants préoccupants les échantillons positifs sont soumis à un test qui recherche la présence de la mutation N501Y et la mutation E484K. 3. Séquençage du génome entier: Les échantillons admissibles dans lesquels on a détecté la mutation E484K font l’objet d’un séquençage. Les échantillons dans lesquels on a seulement détecté la mutation N501Y ne feront plus régulièrement l’objet d’un séquençage
 

Si vous êtes responsable des tests de dépistage en laboratoire, consultez notre feuillet d’information sur le dépistage des variants préoccupants du SARS-CoV-2 (virus de la COVID-19) et le Labstract pour en savoir plus.

Événement

PHO Rounds: Novel Disease Surveillance Tools for the Next Pandemic

This seminar will introduce the concept of informal disease event monitoring systems and how this type of data can and has been used to explore communicable disease epidemiological trends among forcibly displaced persons worldwide. 

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Mis à jour le 19 juin 2021